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清大副校長周懷樸表示，考量教育部有投件限制，清大特地花費大量時間整併出8件，最後只通過4件，人文領域跟社會科學的計畫都沒通過，當中包括季風亞洲、新南向政策及能源轉型等，都是與國家發展密切相關的主題，教育部卻僅通過與理工與醫學領域相關計畫，但學校不希望科學與人文有所偏廢，最近會再提出申請。
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">「教育部不能自己打破遊戲規則！」周懷樸指出，清華大學與許多學校都遵守規則，大力整合校內各系所的豐富研究能量，如生醫中心計畫還整合了人社院的長照研究，但教育部卻接受部分大學多提計畫，甚至重複提重疊性高的多個計畫。他不滿表示，教部不能自己打破規則，要改也要事先通知所有學校，不能私下協調。
他指出，此次未通過的季風亞洲研究中心計畫計畫，由黃樹民、黃一農和臧振華等院士主持，從十年前就開始深耕東南亞研究，沒有被支持非常可惜。其他關於能源轉型、生醫中心結合科技與人社院的長照、前瞻智慧製造中心等，是清大在全國及全亞洲最強的微機電系統結合AI人工智慧成果，都成為明顯的遺珠。
台科大校長廖慶榮則認為，核定標準應考量到每所學校的規模不同，教職員人數多寡不一，例如台科大教職員為410人，台大有2000人，是台科大的5倍，成大則有1200人，是台科大的3倍，依照學各校的需求能量不同，應有不同標準，不建議等量齊觀，對於這樣的結果他表示可以接受。
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